空气净化一方面是送入洁净空气对净化车间内污染空气进行稀释，另一方面是迅速排出车间内浓度高的污染空气。为保证生产环境或其他用途的洁净室所要求的空气洁净度，需要采取多方面的综合措施，一般可通过以下六个途径进行控制：

    1、控制污染源，减少污染发生量  这主要涉及发生污染的设备的设置与管理，以及进入洁净车间的人与物的净化。尽量采用产生污染物质少的工艺及设备，或采取必要的隔离和负压措施，防止生产工艺产生的污染物质向周围扩散；减少人员及物料带入室内的污染物质。例如，固体制剂的许多工艺中，粉体在干燥状态下进行处理，必然会产生粉尘，为防止其扩散和污染空气，产尘部位常采用局部排风措施。对于某些生产工艺，例如药厂生产工艺过程中散发的乙醇、甲醇、乙醚等蒸气或气体，主要是采取送风、排风配合使其稀释到允许浓度以下，以防止爆炸等情况发生，一般不另采取净化措施。
    2、有效地阻止洁净车间室外的污染物侵入室内  （有效地防止室内的污染物逸至室外）这是净化车间控制污染的最主要途径，主要涉及空气净化处理的方法、室内的压力控制等。对于空调送风采用三级过滤措施：通过粗、中、高效三级过滤，层层拦截，将尘粒阻挡在高效过滤器之前，将洁净空气送入室内。根据房间的洁净度要求，用不同方式送入经过特定处理的、数量不等的清洁空气，同时排走相应量的携带有室内污染物质的空气，靠这样一种动态平衡，使室内空气维持在要求的洁净度水平。由此可见，对送入空气的净化处理是十分关键的环，这就是洁净室换气次数大大超过一般空调房间的原因。洁净度级别越高，其换气次数越多。例如洁净度级别为7级的洁净室要求每小时换气次数不少于15次，洁净度级别为6级的洁净室要求每小时换气次数不少于50次。对于室内正压的控制，エ业洁净室和一般生物洁净室采用正压措施。在一个大的空间，要绝对封闭是不可能的。为此，在空调设计中均采取洁净室的静压高于周围环境一定值的措施。这样在使用洁净空调时，只允许室内洁净空气往外漏，而避免室外空气往里渗，即防止室外或邻室的空气携带污染物质通过门窗或缝隙、孔洞侵入造成污染。

    3、迅速有效地排除洁净车间内已经发生的污染  这主要涉及就车间的气流组织，也是体现洁净室功能的关键。合理的气流组织，即通过送风口与回风口位置、大小、形式的精心设计使室内气流沿一定方向流动，防止死角及造成二次污染。不同的气流组织直接影响施工的难易程度及工程造价。一般洁净度级别高于5级的洁净室均采用单向流，其中以垂直单向流效果最好，但造价也最高。洁净度级别为6-9级的洁净室则采用非单向流的气流组织。
    4、流速控制  洁净室内空气的流动要有一定速度，才能防止其他因素（如热流）的扰乱。但又不能太大，流速太大将使室内积尘飞扬，造成污染。

    5、系统的气密性  不仅通风系统本身要求气密性好，对建筑各部结合处、水暖电工艺管穿越围护结构处也应堵严，防止渗漏。一般看得见的缝隙、裂缝均无法阻止0.5um粒径的粉尘通过。
    6、建筑上的措施  涉及建筑物周围环境的设计、建筑构造、材料选择、净化车间装修平面布局气密性措施等设计。例如，采用产尘少、不易滋生微生物的室内装修材料及家具。