自净时间是指洁净室在开启净化空调系统后，使室内空气由停机时的污染状态达到洁净室要求的洁净度所需的时间。
  按照洁净室的使用特点，洁净室的自净时间在设计时已确定。净化空调设备管理人员应在这个时间以前开启机组（对于有值班风机的系统，这一时间可以短一点；对于无值班风机的系统，这一时间则需要长一点）。每个洁净室投运前，都应按照设计要求的自净时间来制订净化空调机组提前开启的时间。同一手术室在两台手术之间也应有一个自净过程，以消除前一台手术过程中存留在手术室内的菌尘粒子污染，避免交又感染。在洁净室自净时间内，手术室内应保持静态运行状态，不应有人在室内逗留。与此同时，也应按照需要设定好室内温度、湿度等参数，为手术提供适宜的环境条件。